Kepala madrasah pertama dijabat oleh Bpk. Drs. M Romli , kemudian dilanjutkan oleh Bpk. M Masrifun, yang ketiga oleh Bpk. Munasir, dan tahun 2000 hingga saat ini oleh Bpk. Nur Rohim. Sebagai institusi pendidikan islam, MTs Khozinatul Ulum Blora telah teruji kemampuannya untuk bertahan dari berbagai masalah yang mengitarinya, baik dari jumlah siswa, kualitas tenaga pendidik, keuangan maupun sarana prasarananya. Berbagai upaya telah dilakukan , baik oleh yayasan maupun pengurus madrasah dalam memodernisasi madrasah ini. Upaya tersebut telah banyak menghasilkan peningkatan kualitas dan fasilitas yang dibutuhkan dalam kegiatan belajar mengajar. Karena pengajaran dan penerapan ilmu dan teknologi merupakan kebutuhan yang tidak dapat ditunda-tunda.